Vermutlich ist es eine schlechte Idee eine Software zweimal zu installieren (zumal die mit der niedrigen Versionsummer als zweites). Wenn ich dich richtig verstehe hast du jetzt Perl 5.8.7 und Perl 5.8.8 parallel. Warum eigentlich?

Welche version von ppm startet? Soweit ich weiß ist bei Perl 5.8.8 ppm4 dabei welches eine grafische Oberfläche hat, d.h. bei dir wird vermutlich das ppm von Perl 5.8.7 gestartet, da du aber die Version 5.8.8 als zweites installiert hast, fangen da die Probleme an.

Aber vielleicht reicht es auch, wenn du eine repository angibst, welche sind denn eingetragen?