so... ich glaube ich habe das Problem gelöst. Es trat nur bei Modulen mit Vererbung auf und es lag daran, dass das Elternmodul, nicht mit dem absoluten Pfad angesprochen wurde (dieses befindet sich im selben Verzeichnis). Ich habe jetzt überall den Package-Namen davor gesetzt und es scheint zu funktionieren.
Ich weiß zwar selbst nicht so genau, warum es jetzt, wo die Module bei den anderen Perl-Modulen im Pfad liegen nicht mehr nur mit dem Modulnamen geht, aber das Problem ist wohl gelöst :-)