wenn der server erstmal infiziert ist, kann man natürlich nach dateien gucken, die
da nicht hingehören, "sauber" kriegt man es IMHO nur mit einer neuinstallation, weil
man ja nicht weiss, was alles angefasst wurde.

edit: und natürlich im gleichen zug deinen shop updaten. wenn es ein php-shop
ist, liegt die vermutung nahe, dass dort die lücke ist.