(bitte korrigiert mich wenn ich Unsinn erzähle)
Wenn du einen Upload machst werden alle Dateien, die du selektiert hast, In eine Nachricht an den Server verpackt. Der Server nimmt die Nachricht an und führt das Script erst aus, wenn die Nachricht vollständig ist. (also alle Dateien schon auf dem Server sind, im Ram oder in einer Temporären Datei) So zumindest arbeitet der Apache, thttpd und lighthttp meines Wissens nach.
Beim Apache gäbe es wohl noch die Möglichkeit sich in den Requesthandler ein zu klinken, aber das ist wirklich nichts für Anfänger.