Schwierig. "#FFFF00" ist eine gültige Farbangabe. Bei mir war die Fehlermeldung aus Acrobat total irreführend. Der Fehler hatte mit setcolor nix zu tun. Problem war, dass ich bei der Ausgabe eines Strings die Font-Size undef übergeben habe. PDF::API2 hat dann PDF-Output erzeugt, wo einfach die Font-Size weggelassen wurde. Nachdem PDF ähnlich wie PS eine Stackmaschine ist, hat es ihn mit den Parametern durcheinandergehauen...
Der Fehler war sehr schwer zu finden (haben das PDF selbst durchsucht). Kannst du eventuell den kompletten Code irgendwo pasten?
Dann könnte man mal nach verdächtigen Stellen suchen.

Wie gesagt, PDF::API2 prüft leider so gut wie gar nicht, ob man gültige Daten oder nur Bockmist übergibt...