Es gibt z.B: Array::Diff, das sowas macht.

Ansonsten kannst du wie folgt vorgehen: einen Index für jedes Array speichern, am Anfang auf 0 setzen.
Dann:

1) wenn beide Element gleich sind, beide Indizies um eins erhöhen
2) wenn das element im ersten Array größer ist, den zweiten Index um eins erhöhen, das element des zweiten Arrays ist dann nicht in Array 1
3) wenn das Element im zweiten Array großst, den ersten Index um eins erhöhen, das element dersten arrays ist dann nicht in Array 2.