Vielleicht musst Du ja auch in Deinem C Programm die Ausgabe an einigen Stellen flushen (fflush(stdout)), oder auf Zeilenpufferung einstellen (setvbuf(stdout, (char *)NULL, _IOLBF, 0)).

In der Regel ist die Standardausgabe zwar schon auf Zeilenpufferung konfiguriert, aber das ist je nach C-Runtime vielleicht anders wenn das Ausgabeziel kein Terminal ist.