Hmm, renees Lösung setzt nun aber voraus, dass das Ende gleich ist, und bmxy sagte, dass man das nicht voraussetzen kann, oder verstehe ich das falsch?

Sind denn beide Dateien gleich lang? Wenn ja, müssten ja die Elemente, die bei der einen Datei vorne fehlen, bei der zweiten dann hinten fehlen.

Oder sind beide Dateien komplett unterschiedlich lang?

In den beiden Fällen wird es wohl erst mal das Problem sein, die Periodenlänge überhaupt herauszufinden.