Das ist in der Tat merkwürdig. Aber wie gesagt, Net::SSH::Expect könnte eine Alternative zu dem von Dir verwendeten Modul sein.

Als unsaubere Notlösung könntest Du noch die Ausgabe deines Befehls durch tr -s '\012\015' '\000' pipen und in Perl mit split /\0/, $input wieder in ein Array von Zeilen verwandeln.

edit: Wenn Du auf dem Server die Ausgabe mit Perl erzeugst, kannst Du in diesem Fall natürlich direkt in Deinen print-Befehlen "\0" statt "\n" als Trennzeichen benutzen und musst nicht tr bemühen.