Ich habe zwar keine Ahnung von Net::SSH::Perl, aber normalerweise werden im ersten Array auf der linken Seite einer Zuweisung alle verbleibenden Rückgabewerte gespeichert. Nach my (@out, $err, $exit) = $ssh->cmd($cmd) sollte also @out alle Rückgabewerte des Methodenaufrufes enthalten und $err bzw. $exit sollten undef sein.

Nach der Dokumentation von Net::SSH::Perl zu schließen kann das Modul das, was Du brauchst wahrscheinlich gar nicht. Eine Alternative könnte Net::SSH::Expect sein.