Wurde der Rechner nach dem Update neu gestartet?
Hatte letztens ein ähnliches Problem und die Ursache liegt wohl darin, dass diese Shared Objects (.so) nur einmal für alle Perl-Prozesse geladen werden. Wird dann das Modul aktualisiert hat er noch die alte Version im Speicher und der neuere Perl-Code meckert wegen der nicht mehr passenden Version.
Bin mir da aber nicht 100% sicher...