Hast du mal versucht, wenigstens das Icon des Hauptfensters zu verändern? Vielleicht wird diese Veränderung auch an die Dialoge weitervererbt?

Du könntest versuchen, native Win32-Dialogboxen per Win32::GUI oder Win32::API zu öffnen (nicht ausprobiert).

Bei Tk804.027_500 und später gibt es noch Tk::MesgBox als Alternative.

Außerdem ist es nicht so schwierig, mit einem Toplevel einen eigenen Dialog zu basteln. Die einzige Magie ist waitVariable, mit dem du das "Blockieren" implementieren kannst.