Perl hat von Haus aus weniger Sicherheitslücken als PHP. Allerdings kann man auch mit Perl Anwendungen schreiben, die offen sind wie Scheunentore...

Wenn Du richtig fit bist in PHP, kannst Du auch dort die Lücken minimieren (auch wenn in PHP einige Funktionen schon Lücken haben/sind).

Ich würde in 99% der Fälle Perl nehmen (manchmal muss es leider PHP sein), allein schon weil ich mich in Perl wesentlich besser auskenne als in PHP. Es sollte also auch immer eine Entscheidung sein, die vom eigenen Kenntnisstand ausgeht.
Denn was nützt "die beste Sprache" wenn der Entwickler tausend Löcher einbaut.

Perl hat auch den großen Vorteil von CPAN. Vieles was man sich in PHP erst umständlich schreiben muss, gibt es schon auf CPAN.

Für viele Anfänger ist es allerdings "schön", dass PHP schon viele Funktionen (z.B. für die Datenbank-Kommunikation) eingebaut hat.