ich versuche immer, moeglichst viel in perl selbst zu machen, wuerde also zuerst mal Digest::MD5 verwenden. Erst wenn das definitiv zu langsam sein sollte, wuerde ich mich nach alternativen umsehen, also z.B. md5sum

Warum ich die interne Loesung bevorzuge?
x) ist portabler
x) bei externen Programmen hat man mehr unnoetige Abhaengigkeiten, die man ueberpruefen muss (z.B. ist das Programm unter diesem namen vorhanden? kann der User das Programm ueberhaupt ausfuehren? ...) und die Fehlerabfrage ist in der Regel aufwendiger, weil unterschiedliche betriebssysteme/versionen oft unterschiedlichen output generieren (siehe z.B. ping)