my $datei = '/home/crian/fette_datei.txt';
open (IN, $datei) or die "Kann '$datei' nicht öffnen ($!).";
while (<IN>) {
    chomp; # Umbruch wegschmeißen
    next if m/^\s*$/; # nächste Zeile, falls diese leer ist
    next if m/^\s*#/; # Nächste Zeile, falls Zeile Kommentar ist

    .... # tu was mit dieser Zeile (Inhalt ist in der Variablen $_)

}
close IN or warn "Kann '$datei' nicht schließen ($!).";