# Zeilen nicht gechompt
foreach my $zeile (@datei) {
    next if $zeile eq "#\n";
    next if $zeile eq "\n";
    print $zeile;
}

# oder: Zeilen sind gechompt
foreach my $zeile (@datei) {
    next if $zeile eq '#';
    next if $zeile eq '';
    print $zeile;
}