Oh, das Pech hatte ich noch nicht. Bisher haben alle POP3-Server, mit denen ich zu tun hatte, TOP unterstützt, genauso wie die anderen optionalen Erweiterungen wie USER und PASS. Der RFC 1939 (der ja nicht nur schon 13 Jahre alt ist, sondern auch zum STD 53 geadelt wurde) sagt zu den optionalen Erweiterungen auch extra: "This memo STRONGLY encourages implementations to support these commands [...]".
Wenn ein Server tatsächlich TOP intepretiert, aber die Headerzeilen mitzählt, dann wäre er allerdings definitiv kaputt, den wie TOP zu interpretieren ist, steht schon in älteren Versionen des RFC genau beschrieben.

Sei's drum, sollte es tatsächlich Server "in the wild" geben, die nur eine minimalistische oder defekte POP3-Implementierung haben, dann muss man sich in seinem Client natürlich darauf einstellen. Ich erwarte dann jedoch auch nicht, dass so ein Server eine funktionierende IMAP-Implementierung aufweist!